Diseño de protocolos

Trata los protocolos como conjeturas.

Vicena ayuda a crear borradores de protocolos desde evidencia bibliográfica y luego los audita como un problema de verificación: si estos pasos se ejecutan bajo estas condiciones, ¿debería seguirse este producto o resultado?

Constructor

Auditoría

Certificado

Generador de protocolos
Afirmación formal
Audit Certificate
Scientist reviewing protocol notes beside a fume hood
Generador de protocolos

Borrador respaldado por fuentes

El constructor inicia la afirmación.

Conjetura

Si los reactivos, orden, recipiente, temperatura, tiempos, purificación y controles indicados son correctos, el resultado objetivo debería seguirse.

Comprobar

Conservación

Comprobar

Rendimiento

Comprobar

Compatibilidad

Comprobar

Riesgos

Certificado de auditoría

  • Estado y resumen de auditoría
  • Vista previa de protocolo alineada con XDL
  • Hallazgos con bloqueos, advertencias, brechas y notas
  • Obligaciones de prueba y supuestos

Evidencia primero

Protocol Builder busca material fuente, separa detalles respaldados de supuestos y mantiene visibles los datos críticos faltantes.

Protocolo como conjetura

The draft claims that if these steps run under stated conditions, a specified product or observation should result.

Audita antes del laboratorio

Protocol Audit revisa la afirmación contra química, física, restricciones operativas, riesgos y brechas de cobertura.

Certificado para iterar

The audit certificate records findings, proof obligations, assumptions, boundaries, provenance, and unresolved gaps.

Por qué importa

Encuentra puntos de fallo antes de que retrasen el laboratorio.

Lo costoso no son solo químicos o tiempo de instrumento. Es esperar en un flujo que pudo cuestionarse antes. Protocol Design da al agente una forma de redactar, formalizar, auditar, revisar y conservar el rastro de razonamiento antes de ejecutar.

Retrocede desde el objetivo

Start from a desired research material, assay, observation, or product. Vicena can work backward through published route fragments and expose what is known versus inferred.

Ensambla entre fuentes

Builder combines literature context into a structured draft with materials, equipment, steps, timing, QC, assumptions, and gaps instead of flattening everything into prose.

Audita la afirmación implícita

Audit asks what must be true for the protocol to produce the claimed result, then tests what it can against deterministic chemistry and evidence tools.

Lleva el certificado adelante

The certificate becomes the revision file: blockers, warnings, unproved assumptions, and provenance stay attached to the next protocol draft.

Superficie de auditoría

Obligaciones de prueba para planes de laboratorio.

Instead of logical postulates, the audit works through chemical and physical constraints. Tools return evidence, boundaries, and gaps. The agent synthesizes a review without pretending that an unverified protocol is validated.

Conservación de átomos y masa

Balance, stoichiometry, limiting reagents, missing species, and conservation-law violations.

Límites de rendimiento

Expected yield versus theoretical yield, reagent excess, scale assumptions, and impossible claims.

Compatibilidad

Reagent-reagent and reagent-vessel concerns from curated chemistry rules and structural checks.

Restricciones térmicas y de fase

Boiling point, vapor pressure, solvent, reflux, pressure, and temperature boundaries where data is available.

Riesgos y brechas de manejo

PubChem GHS evidence, explicit missing-data warnings, and concerns that need expert review.

Obligaciones no probadas

Inputs the tools cannot verify yet, assumptions the draft depends on, and conditions to resolve before execution.

Bucle de iteración

Diseña, audita, corrige y repite.

This is not a one-shot recipe generator. It is a protocol design loop that turns vague confidence into reviewable obligations before lab execution.

1

Work backward from the target

Name the target material, product, assay, or observation and the practical constraints.

2

Build a source-backed draft

Assemble steps, materials, equipment, timing, quality controls, and gaps from literature fragments.

3

Generate proof obligations

Turn each step into things that must be true for the protocol claim to survive scrutiny.

4

Audit and revise

Use the certificate to patch assumptions, resolve blockers, and repeat before using lab time.

Archivo de certificado

La salida de auditoría está pensada para reutilizarse.

The certificate is the bridge between draft and revision. It can be saved as a project record, attached to the next prompt, and used to decide what evidence, calculation, or expert check must happen next.

protocol-audit-certificate.md

Certificado de auditoría

Artefacto de revisión

Estado y resumen de auditoría

Vista previa de protocolo alineada con XDL

Hallazgos con bloqueos, advertencias, brechas y notas

Obligaciones de prueba y supuestos

Brechas de datos y obligaciones no probadas

Límites, procedencia y próximos objetivos de revisión

El certificado no certifica seguridad. Registra qué se revisó, qué queda sin probar y dónde aún hace falta revisión experta.

Solicitudes de ejemplo

Empieza con el experimento cuyo riesgo quieres reducir.

These open Vicena with a concrete protocol-design job. The agent should draft, audit, and expose the assumptions rather than treating the first draft as ready to run.

Antes del tiempo de laboratorio

Convierte incertidumbre evitable en una lista de revisión.

Use Protocol Builder when the method is scattered across sources. Use Protocol Audit when the draft needs to survive chemistry, physics, safety, and provenance questions.